Palhoça pertencia a Florianópolis até 1833, quando então passou a pertencer a São José, quando este foi criado. A primeira igreja de Palhoça foi construída em 1868, mais tarde passou a chamar-se de Nossa Senhora do Parto.
No final do ano do mesmo ano, inicia a construção da Igreja Matriz, com vistas à criação da freguesia. A Matriz se deu por concluída em 1883, sem ainda as torres laterais. Embora houvesse sido construída, não foi logo provida de vigário.
A paróquia foi simplesmente criada novamente em 03 de maio de 1901, pela Cúria Diocesana de Florianópolis.
No ano de 1873, Palhoça foi elevada a condição de Distrito Policial. Desde sua fundação, até este período, Palhoça continuou como arraial, sendo esquecida política e administrativamente, apesar do aumento de seus habitantes e do desenvolvimento da economia.
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